オストロンの保管箱を集めオービターに戻ると、コーデックススキャナーを25個を受け取ります。コーデックススキャナーはアーセナルの「ギア」項目から装備でき、次のクエストミッションで必要になります。
ミッションで装備したコーデックススキャナーを使うには、キーボードで「Q」、コントローラーで「十字キー↓」でギアメニューを開き選択します。スキャナーはプライマリとセカンダリ武器同様エイムすることができます。スキャン可能な敵はオレンジ色にハイライトされるので、エイムを合わせ発射ボタンを押すことでスキャンを行います。
次に、3つの欠片(オレンジ色でハイライトされます)のスキャンを行う必要があります。3つの欠片はグリニア野営地の中にあり、マップ上で黄色い目標マーカーで表示されます。
次に、シータスから離れグリニア船に潜入します。グリニア保管庫の中に欠片がもう一つあり、目標マーカーを追いながら、パルクールでマップを移動しながら見つけ出す必要があります。
最後の欠片はシータスにあります。エイドロンと遭遇後、黄色のマーカーを追うと大きな岩の下に誘導されます。スキャンすると、Sayaの眼クエストはクリアとなり、Garaの設計図を入手できます。
欠片以外のスキャンを行い、スキャナーが足りなくなった場合は、ゲーム内マーケットからクレジットで購入することでができます。
ほぼ全ての惑星や衛星の端には、ジャンクションという特別なステージがあります。Warframeにおいてこのジャンクションは重要な通過点です。ジャンクション解放の条件を満たし、ステージをクリアすることで新たな惑星が解放され、そこからメインストーリー含むクエストなどがアンロックされます。
Vorの秘宝とSayaの眼クエストクリア後金星ジャンクションをクリアするとオロキンリアクターが手に入ります。このアイテムはどのWARFRAMEにもインストールでき、MOD容量を2倍にします。インストールはアーセナルのアップグレードから行え、この工程は武器のMOD容量を2倍にするオロキンカタリストでも同じです。容量を2倍にすることで、より強力なMODを装備に装着し強化が見込めます。
次に進むには、地球にある金星ジャンクションの開放条件を満たす必要があり、その後ジャンクション内にいるスペクターを倒すことでそのジャンクションはクリア扱いになり、金星のステージが解放されます。
注:MODの強化はオービターにあるMODモジュールからEndoとクレジットを消費することで行えます。Endoは敵からドロップ、あるいは特定のミッション報酬として得られ、また余ったMODを分解することでもEndoを得られます。