1999에서 가장 먼저 눈에 띄는 것은 새로운 탑승물입니다. 아토미사이클은 홀바니아의 거리를 돌아다니는 데 도움이 되는 여러가지 유용한 기능을 갖춘 특수한 오토바이입니다!

• 아토미-부스트: 아토미사이클에 폭발적인 속도를 부여합니다
• 아토미-배러지: 적들에게 피해를 입히고 약화시키는 유도 미사일을 발사합니다
• 아토미-섀도우: 아토미사이클을 발사하고 탑승자를 은신 상태로 만들어 줍니다
• 아토미-봄: 아토미사이클 자체를 폭발성 발사체로 사용하여 발사합니다

또한 "달리기" 키를 눌러 아토미사이클을 자연스럽게 가속시킬 수 있으며 "점프" 키로 공중으로 띄울 수 있습니다. 아토미사이클에서 내리게되면 장비 휠을 열어 휠 메뉴에서 선택하고 호출할 수 있습니다.

헥스 퀘스트의 목표를 달성해 나가다 보면, 마지막엔 H-04 에퍼본 탱크와 고유의 보스전을 치르게 됩니다. 이 강력한 무장에도 바퀴 바로 위의 통풍구라는 약점이 있습니다 (동료인 퀸시가 알려주는 대로). 공중에서 떨어지는 스칼드라 보병의 무리를 처리하면서 이 통풍구 8개를 모두 파괴해야 약화시킬 수 있습니다.

탱크가 취약해지면, 스칼드라 군인들이 떨어뜨린 특수 로켓 런처를 집어 올려 발사할 수 있습니다. 이렇게 하면 탱크가 마지막 공격에 노출될 때까지 탱크를 손상시킬 수 있습니다. 탱크의 체력이 고갈되면 피해를 입은 탱크로 달려가 상호 작용을 하여 끝장내세요.

헥스 퀘스트에서 만날 수 있는 또 다른 독특한 고유 미션은 헬스크럽입니다. 헬스크럽은 근원계 전역에서 발견하실 수 있는 일반 생존 미션과 매우 유사하게 진행됩니다. 난입해 오는 적의 무리를 파괴해 이들이 드롭하는 생명 유지 자원을 얻고 여러분의 생명 유지 레벨을 1 이상으로 유지하세요. 또한 이 문제의 헬스크러버와 상호 작용해 더 많은 생명 유지 자원을 얻을 수도 있습니다.

그러나, 헬스크러버 자체도 테크병에 뒤덮일 수 있습니다 (장치 위에 나타나는 빨간색 다이아몬드 아이콘으로 표시됩니다). 제한 시간 내에 이 필터 위에 자라는 파란색 테크병 덩어리들을 공격하여 해당 필터를 "청소"해야만 합니다. 제 시간에 감염을 제거하지 않으면 헬-스크러버는 아주 적은 양의 생명 유지 자원만을 주는 테크병 적으로 변신하게 됩니다!