潜入ミッションは黄色くマークされた特定数のコンソールをハッキングする必要があります。各コンソールは特別な部屋に保管されており、見張りの敵やセキュリティカメラ、センサーなどで守られています。

これらのセキュリティシステムに見つかるとカウントダウンが始まります。トリガーが発生すると、カウントダウンが終わるまでにコンソールのハッキングを終わらせる必要があります。失敗すると、報酬が減ったり、場合によってはミッション失敗となります。潜入ミッションはあなたのステルスとパルクールスキルを試します、テンノよ！

サイファーの設計図はゲーム内マーケットから購入できます。サイファーはファウンドリで作成でき、アーセナルのギアメニューから装備できます。サイファーを1つ消費することでハッキングを瞬時に完了させます。これは潜入ミッションにも適用されます。

『博士の計略』クエストでは感染体勢力に遭遇します。感染体はその圧倒的な拡大能力と数で押し寄せますが、装甲値とシールドは等しく、主に近距離での攻撃を仕掛けます。攻撃範囲の広い近接攻撃やアビリティを駆使することで感染体を一掃できます。通常の感染体は切断や火炎ダメージにも弱く、ダイモスのカンビオン荒地の変異体は爆発とガスダメージが弱点です。

感染体の敵は多くの場合毒ダメージを与えます。この状態異常を受けると、シールド関係なしにヘルスに直接ダメージを受けてしまいます。そこで役立つのがゲーム内マーケットで購入できるチームヘルスリストアアイテムです。ファウンドリで作成しギアメニューに装備することで、このアイテムをミッションで使用し自身と分隊メンバーのWARFRAMEを回復できます。