Uma das primeiras coisas que você notará sobre 1999 é o seu novo veículo. A Atomimoto é uma motocicleta especial com várias habilidades úteis para ajudar você a circular pelas ruas de Holvânia!

• Atomimpulso: Concede à Atomimoto uma explosão de velocidade
• Atomibombardeio: Dispara mísseis teleguiados que causam dano e enfraquecem inimigos
• Atominvisibilidade: Lança o piloto para fora da Atomimoto e o torna invisível
• Atomibomba: Lança a Atomimoto para frente como um projétil explosivo

Você também pode acelerar a Atomimoto naturalmente pressionando a tecla "correr" e se lançar no ar com a tecla "pular". Se você desmontar da sua Atomimoto, você pode invocá-la novamente acessando a sua Esfera de Consumíveis e selecionando-a no menu.

Conforme você progride nos objetivos da Jornada, eventualmente se deparará com uma luta única contra chefão: o Tanque Efervão H-04. Este armamento de alto impacto tem pontos fracos (como apontado por seu aliado Quincy) na forma de dutos de ventilação acima de seus trilhos. Para enfraquecê-lo, você deve destruir todos os oito, enquanto lida com hordas de soldados Scaldra que caem do alto.

Quando o tanque estiver vulnerável, você poderá pegar e disparar um lançador de foguetes especial derrubado pela Scaldra. Isso permitirá que você danifique o tanque até que ele fique vulnerável a um ataque final. Quando a barra de saúde estiver esgotada, corra até o veículo danificado e interaja com ele para finalizá-lo.

Outro tipo de missão singular durante "O Hexa" é a "Purificação". Ela se desenrola de forma muito semelhante ao padrão de Missões de Sobrevivência encontradas no Sistema de Origem. Você destruirá hordas de inimigos que aparecem e deixam cair cargas vitais que mantêm seu nível de suporte à vida acima de zero. Você também pode interagir com os Purificadores titulares para ganhar uma carga ainda maior de suporte à vida.

No entanto, os Purificadores podem ser corrompidos com Tecnovírus (como mostrado pelos ícones de diamante vermelho que aparecem sobre eles). Você terá um tempo limitado para "limpar" esses filtros, atacando qualquer gosma azul de Tecnovírus que cresça sobre eles. Se você não remover a infestação a tempo, os Purificadores se transformarão em fortes inimigos Tecnovírus que fornecem suporte à vida de forma limitada!